Le père de Gondebaud, Gondioc, et son oncle, Hilpéric Ier, étaient rois avant lui. Gondioc avait également été « maître de la milice » pour l'Empire romain.
C'est d'abord à ce titre que Gondebaud lui succéda : nommé « maître des milices de la Gaule » par un autre de ses oncles, Richomer, en 472, il fut néanmoins renvoyé par l'empereur Julien Népos en Savoie, où était établi son peuple, en 474.
À la mort d'Hilpéric, en 480, Gondebaud devint enfin roi des Burgondes aux côtés de ses trois frères, selon la coutume germanique de partage du royaume. Deux de ses frères, Hilpéric II et Godomar furent écartés assez vite du pouvoir.
Établi à Lyon, Gondebaud partagea alors ses prérogatives avec son troisième frère, Godegisèle, qui était lui-même établi à Genève. Durant cette période, Gondebaud refoula les Alamans aux confins de la Suisse et résista également aux tentatives de conversion de l'évêque Avit, préférant demeurer arien comme la majorité de son peuple.
En 500, le royaume des Burgondes fut attaqué par les Francs de Clovis ; ce dernier était devenu l'époux de la nièce catholique de Gondebaud, Clotilde, convertie comme une fraction de son peuple à la religion romaine. Les Francs étaient alliés à Godegisèle, que Gondebaud, réfugié à Avignon, parvint à tuer avant d'unir les Burgondes sous son autorité.
En 507, Gondebaud s'allia à son tour à Clovis contre les Wisigoths.
Le nom de Gondebaud, qui sut se concilier à la fois le soutien des Romains de son royaume et de l’ensemble des Burgondes, est également resté en Droit, à travers l’œuvre majeure de son règne : la loi Gombette, promulguée le 29 mars 502.
Cette loi, initialement composée de 88 titres, relève avant tout du droit territorial romain : elle n'est pas seulement une loi personnelle germanique. Enfin, elle met l'accent sur l'égalité entre Gallo-romains et Burgondes.