Il a reçu le Grand Prix de la Ville d'Angoulême 2002.
Il est particulièrement reconnu pour sa série des Cités Obscures, dont le scénariste est son ami Benoît Peeters :
- Les Murailles de Samaris (1983, 1984)
- La Fièvre d’Urbicande (1985)
- La Tour (1987)
- L’Archiviste (1987)
- La route d’Armilia (1988)
- Le musée A. Desombres (1990)
- Brüsel (1992)
- L’Écho des Cités (1993)
- Mary la penchée (1995)
- L’enfant penchée (1996)
- Le guide des Cités (1996
- L’Ombre d’un homme (1999)
- Voyages en Utopie (2000)
- La frontière invisible (2002)
Cette série est située dans un univers parallèle mais avec de nombreux passages vers notre monde réel. Certains artistes de notre monde sont d’ailleurs célèbres dans les Cités obscures, ainsi l’architecte Victor Horta ou l’écrivain Jules Verne. Le goût du détail a poussé les auteurs à décrire les disciplines surprenantes de ce monde (comme la cryptozoologie ou la cartographie compulsive), sa faune et sa flore étranges, ses us et coutumes décalés et, surtout, son architecture obsédante, composante fondamentale de la série : chaque cité dépeinte, en effet, l’est dans un style architectural précis ; la psychologie des personnages et le récit sont même fortement influencés par l’architecture de la ville (comme l’Art Déco monumental, sa rigueur et sa stabilité pour La fièvre d’Urbicande, l’Art Nouveau, ses tentacules végétaux et sa folie pour Les murailles de Samaris, etc.).
Il a aussi réalisé la série des Terres creuses avec son frère Luc Schuiten :
- Carapaces (1981)
- Zara (1985
- Nogegon (1990)