En réalité, sa mère, la reine Brunehaut assuma l'essentiel du pouvoir jusqu'à sa mort. La majorité de Childebert fut proclamée une première fois en 585, puis lors du pacte d'Andelot en 587. Grâce à ce pacte, il hérita de la Bourgogne et de l'Orléanais après avoir été adopté par son oncle, le roi Gontran.
Pratiquant une politique d'alliance avec les Byzantins contre les Lombards d'Italie, Childebert mena les dernières expéditions austrasiennes dans cette région. Il est aussi connu pour avoir complété la loi salique par un décret.
Childebert II mourut en 595, laissant deux fils : Théodebert II et Thierry II qui s'entre-déchirèrent par la suite, malgré l'influence de Brunehaut.
Childebert 02