Taxinomie

Le terme taxinomie, formé à partir de la racine grecque taxis, est parfois préféré à taxonomie, pourtant très répandu.

1. Origine et évolution des modèles

Toutes les classifications se présentent sous la forme d'un arbre (classement arborescent), depuis une racine incluant tous les êtres vivants existants ou ayant existé, jusqu'aux individus.

Chaque nœud de l'arbre définit un taxon, qui groupe tous les sous-taxons qu'engendre le nœud.

Mais, par le passé, il n'en a pas toujours été ainsi. Le scientifique suédois Carl von Linné (1707 - 1778) posa les fondations de la systématique, et fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique scientifique jusqu'au milieu du XX^e siècle. Cette classification traditionnelle, fortement anthropocentrique, fait encore, en ce début du Modèle:XXIe siècle, partie du bagage culturel commun. Pourtant, elle reflète des causes de la diversité des êtres vivants (création divine) telles qu'on les pensait voici 250 ans, mais qui n'ont plus rien à voir avec ce que nous pensons aujourd'hui de ces causes (évolution).

L'anthropocentrisme est battu en brèche avec Charles Darwin qui recommande en 1859 une classification purement généalogique. S'il y a eu évolution, les espèces doivent être classées selon leur degré d'apparentement évolutif. Mais il faudra attendre près d'un siècle pour que nous y arrivions vraiment, et d'abord pour que nous acceptions la généalogie comme inaccessible (qui descend de qui ?) pour mieux nous concentrer sur la phylogénie (qui est plus proche de qui ?). Dans la deuxième moitié du XXe siècle est apparue l'approche phylogénétique pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire les degrés d'apparentement entre espèces. La notion même d'une telle phylogénie est une conséquence de la théorie de l'évolution, et le succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie.

L'approche phylogénétique demande que les taxons soient limités à ceux qui respectent les deux conditions suivantes :

• tous les individus du taxon descendent d'un individu ancestral particulier ;
• tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.

On parle alors seulement de taxon monophylétique ou clade. Cette contrainte a amené des modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens commun » modelé par l’héritage culturel. Ainsi les dinosaures n’ont pas disparu, la systématique moderne incluant les oiseaux dans le groupement « dinosaures ».

Parmi d’autres exemples, les taxons traditionnels comme reptiles, poissons, algues, dicotylédones, pongidés, n’ont pas droit de cité en systématique phylogénétique, car considérés polyphylétiques (origines multiples) ou paraphylétiques (incomplets). D’autres ont survécu avec quelques séquelles, comme champignons. Enfin, certains ont surmonté la tempête, comme animal (métazoaires) ou mammifères. Remarquons qu’il n’y avait rien d’évident à ce que tous les animaux multicellaires partagent un ancêtre commun qui les sépare de tout végétal ou champignon.

Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.

• L'approche cladistique cherche en particulier à déterminer les caractères propres à une branche, qui « signent » un apparentement.
• L'approche phénétique, une classification basée uniquement sur des mesures de distance entre taxons (évaluées par exemple en comptant les différences de séquences d'ADN) sans chercher à faire une interprétation phylogénétique.
• L'approche probabiliste qui construit des arbres phylogénétiques en utilisant des modèles d'évolution des caractères (le plus souvent moléculaires, mais pas obligatoirement).

Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications strictement phylogénétiques en passant par différents mélanges, par exemple gardant les catégories, mais s'alignant sur les découvertes récentes en matière de phylogénie.

2. La notion d'espèce

Un concept important de classification, assez stable, est celui d'espèce. Ce groupement est relativement bien défini, du moins pour les espèces à reproduction sexuée.

L'espèce se définit comme une communauté d'êtres vivants interféconds (capables de se reproduire entre eux) pouvant échanger du matériel génétique et produisant des descendants eux-mêmes féconds (en effet, certains individus du même genre mais appartenant à des espèces différentes peuvent se croiser pour donner un individu hybride, mais celui-ci est le plus souvent stérile). Dans le cas de la reproduction strictement asexuée, on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement phylogénique. Le cas des entités à la limite du vivant (virus, prions) est encore différent ; elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle des symbioses strictes, comme les lichens (qui combinent une partie d'origine champignon, et une partie photosynthétique, d'origine différente), mais en général, un des deux partenaires est capable de vivre sans s'associer à l'autre, et l'on peut les classer dans deux espèces distinctes, avec comme caractéristique d'une des deux espèces de ne pouvoir survivre sans l'autre.

Les espèces sont nommées selon le système binominal mis en place par Linné. Un nom d’espèce est composé d’un nom de genre, en latin, suivi d’un qualificatif d’espèce, aussi en latin, suivi (en toute rigueur) de la mention d’origine (auteur et date). Par exemple, Panthera leo Linnaeus, 1758 désigne l’espèce plus communément appelée lion.

Stricto sensu, le concept d’espèce suppose implicitement une hypothèse forte qui est la transitivité des interfécondations possibles; en dautres termes, on suppose que si X1 est interfécond avec X2, X2 avec X3, etc., X1 sera interfécond avec Xn quelle que soit la longueur de la chaîne. Konrad Lorenz signale que cette supposition n’est pas toujours vraie, en particulier chez des oiseaux marins entre continents. Il faut d’ailleurs bien que ce genre de discontinuité existe pour qu’un phénomène de spéciation commence à apparaître lui aussi.

3. Dans le domaine de l'informatique

La taxinomie (ou en:taxonomy en anglais) est le principe de classer les informations dans une architecture structurée et agencée de manière évolutive. Ce terme informatique est couramment employé dans des systèmes de gestion de contenu (CMS).

4. Voir aussi

4.1. Ouvrage PDF gratuit à télécharger

Reconstruction phylogénétique P. Darlu et P. Tassy

4.2. Article

• Classification scientifique (classification traditionnelle)
• Classification phylogénétique (depuis 1990 environ)
• Arbre phylogénétique
• William Harris Ashmead

4.3. Liens externes

• [1] une classification visant à couvrir tout le vivant, aisée à parcourir
  • [2] base de données de publications, très technique
    • [3] Code international de nomenclature botanique de Saint-Louis

      4.4. Références

      • [R1] Classification phylogénétique du vivant, Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Belin
      
      
      

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